Een aantal middelen worden soms onterecht homeopathisch genoemd. Dit betreffen geneesmiddelen van plantaardige oorsprong. Omdat veel van de homeopathische geneesmiddelen ook uit planten of delen van planten wordt gemaakt, is deze verwisseling snel gemaakt. Een geneesmiddel is niet homeopathisch alleen vanwege het feit dat het van plantaardige herkomst is. Het verschil in de klassieke homeopathie wordt gemaakt door:

-het toepassen van het gelijksoortigheidsprincipe

-de speciale bereiding

-het testen (bovendien worden homeopathische middelen, in tegenstelling tot de reguliere geneeskunde, getest op gezonde en vrijwillige proefpersonen. Er worden dus geen dierproeven uitgevoerd en    bijwerkingen komen zelden voor)

-de toepassing ervan

Geneesmiddelen op plantaardige basis die niet worden bereid volgens de net genoemde uitgangspunten worden fytotherapeutisch genoemd. Het woord fyto (Grieks: phyto) betekent ‘plant’ en letterlijk dus: plantaardige geneesmiddelen. Fytotherapie is klachtgericht en de klassieke homeopathie is (behalve in acute situaties) meer gericht op de gehele mens achter de klacht(en). Door deze holistische geneeswijze wordt getracht de oorzaak te achterhalen waardoor de klacht(en) ontstaan is/zijn om zodoende de zieke mens te genezen. Daarom kunnen bij verschillende mensen met dezelfde klacht, bijv. bij hoofdpijn, verschillende homeopathische geneesmiddelen voorgeschreven worden.